优秀学员笔记—如何查看函数源代码？

一、先按住ctrl，单击函数

但如果函数的源代码是如下这种

function(height, ...)
  UseMethod("barplot")

说明这是一个s3泛型函数

二、s3泛型函数

泛型函数简单来说就是输入参数的类型不同则调用不同。

举例如果是数值型就调用barplot.default(x)

泛型函数的具体方法（如 barplot.default、barplot.factor 等）才是真正实现功能的代码。那如何查看这些具体方法的源代码呢？

三、查看s3泛型函数具体方法的源代码

methods("barplot")
# barplotpareClusterResult*
# barplot.default
# barplot.enrichResult*
# barplot.formula*

这会列出所有与 barplot 相关的具体方法:

• barplotpareClusterResult*：这是针对 compareClusterResult 类的 barplot 方法。
• barplot.default：这是默认的 barplot 方法，适用于大多数基本数据类型（如数值向量）。
• barplot.enrichResult*：这是针对 enrichResult 类的 barplot 方法。
• barplot.formula*：这是针对公式（formula）类型的 barplot 方法。

其中，带有 * 的方法是非导出函数，来自某些扩展包（如compareClusterResult 和 enrichResult）

四、如何查看具体方法的源代码

getS3method("barplot", "enrichResult")

至此我们终于知道了showCategory这个参数的默认值是8啦

五、其它查看函数具体方法的源代码的方法

秉承小洁老师说的掌握一种方法就够了的原则，以下内容仅供了解:

enrichplot:::barplot.enrichResult(x, showCategory = 10)

::: 表示访问该包中的非导出函数或方法.

提问：两个冒号代码什么呢？

ctrl+单击barplot.enrichResult，即可看源码

六、微调小洁老师富集分析代码

因为我看大部分文章KEGG都用条形图输出30条，GO用点图每个输出10条。

#GO
dotplot(ego, split = "ONTOLOGY",showCategory = 10) +
   facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y",scales = "free_y") 

#KEGG
barplot(ekk,showCategory = 30)  

注意：如果他padj<0.05的值的数量是3，而你设置了10，那也没用，只会画3个。（小洁老师语录）